Formation « Data Science pour l’agriculture », 3-4-(5) décembre 2018, Paris

L’Acta propose, dans le cadre du RMT Modélisation et Analyse de Données, une formation pour se familiariser avec la Data Science (ou science des données).
Avec la forte augmentation de la quantité et de la diversité des données collectées, ainsi que les efforts de structurations de ces données au sein de large base de données, les acteurs de la recherche et développement sont à la recherche de nouvelles méthodes pour exploiter ces gisements de données.
La « data science » (ou la science des données) vise à répondre à ces besoins en offrant de nombreuses méthodes issues à la fois de la statistique, de l’intelligence artificielle et de l’informatique. Il s’agit également d’un changement de philosophie, dans laquelle les données guident les travaux (data driven) et la qualité de prédiction ou de classement est le principal objectif. La question de l’interprétabilité de ces modèles pourra aussi être discutée.

Cette formation s’adresse à tout :
– Ingénieurs et chercheurs travaillant dans les domaines de l’agriculture et de l’environnement
– Doctorants en sciences agronomiques et écologie ayant un volet data science dans leur projet de recherche ayant une connaissance de base du logiciel R.

L’objectif de la formation est d’ :
– Acquérir les bases permettant de manipuler les principales méthodes de data science pour des objectifs de prédiction.
– Appréhender la pratique réelle de ces méthodes au travers d’exemples et de travaux pratiques avec les logiciels R et python.

(La formation comporte deux journées de théorie avec des travaux dirigés et une troisième journée optionnelle d’ateliers pour approfondir.)

Intervenants : F. Brun (Acta), D. Makowski (INRA Grignon), A. Termier (INRIA-U. Rennes I), F. Piraux (Arvalis – Institut du végétal), E. Doutart, A. Philibert, M. El Jabri (Institut de l’élevage)

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HackTaFerme J-9 : des idées, des projets, des prix, des sponsors et vous ?

A une dizaine de jours du HackTaFerme (31 aout-2septembre à Châlons-en-Champagne), voici quelques nouvelles pour ceux qui reviennent de congés ou qui ont loupé les annonces précédentes :

  • L’Acta (numerique.acta.asso.fr) organise avec Terrasolis (terrasolis.fr) et Api-Agro (www.api-agro.fr) le HackTaFerme, premier hackathon qui se déroulera chez des agriculteurs (www.hacktaferme.fr) à la foire de Châlons-en-Champagne ! Il s’agit d’un concours pour développer en 48h des prototypes d’applications utiles pour les agriculteurs.
  • Nous avons doté ce concours de prix attractif pour récompenser les meilleurs projets !
  • Les idées des premiers inscrits ont été présentées et discutées avec les agriculteurs. Désormais, les projets murissent et sont discutés entre participants. Nous sommes toujours à la recherche de porteurs.
  • Et vous ? Il est encore temps de s’inscrire pour participer à l’événement et/ou de motiver vos équipes d’informaticiens à venir participer à ce challenge : www.hacktaferme.fr
  • Encore un grand merci à nos sponsors qui vont permettre l’organisation de l’événement dans de bonnes conditions et de proposer ces prix attractifs pour les vainqueurs ! Vivescia (www.vivescia.com), Syngenta (www.syngenta.fr), Bouygues (www.bouyguestelecom.fr), Atos (atos.net), ITK (www.itk.fr).
  • pour toutes les actualités : www.hacktaferme.fr et nous suivre twitter.com/HackTaFerme

Crowd funding pour le HackTaFerme

Soyez prêt ! Lundi 09 juillet nous lançons une grande collecte sur Miimosa (www.miimosa.com) afin de pouvoir mener le HackTaFerme, premier hackathon qui se déroulera chez des agriculteurs (www.hacktaferme.fr) à la foire de Châlons-en-Champagne !

40 jours de collecte pour atteindre des sommets, nous comptons sur vous pour faire tourner un maximum l’information !

Le HackTaFerme est une initiative du réseau numérique de l’Acta (numerique.acta.asso.fr), co-organisé avec Terrasolis (terrasolis.fr) et Api-Agro (www.api-agro.fr). La première édition est organisé en lien avec la  foire de chalons.

Deux doctorantes participent au Hackathon API-AGRO 2018

API-AGRO (www.api-agro.fr), opérateur de données agricoles, a organisé son deuxième hackathon les 6 et 7 février dernier. L’objectif de cette course : créer en 30 heures une application informatique originale d’intérêt pour le monde agricole valorisant des données et des API puis en faire la promotion et la démonstration devant un jury en 5 minutes.
Nous rencontrons deux doctorantes Mathilde Chen (Acta-INRA-IFV-Arvalis) et  Ivana Aleksovska (Acta-Météo-France-INRA-IFV-Arvalis) qui se sont prêté au jeu et ont participé à une des 6 équipes avec le projet Vine Health Watch porté par Acta et IFV.

VHW’com. Pouvez vous nous expliquer vos sujets de thèse?

 Mathilde. Ma thèse consiste à développer des méthodes d’analyse des données d’épidémiosurveillance sur le mildiou de la vigne. Je mobilise des méthodes d’analyse de survie qui me permettent d’avoir une vision de l’état sanitaire à l’échelle du territoire. En complément, je propose une procédure pour que les techniciens formalisent leur expertise en s’appuyant sur cette information et en la combinant à d’autres sources.  Plus d’infos ici
Ivana. Ma thèse cherche à améliorer les prévisions à court et moyen terme (d’un jour à un mois) des modèles agronomiques. Il s’agit de développer des outils d’aide à la décision pour les agriculteurs en prenant en compte l’incertitude des prévisions météorologiques (notamment température et pluie) et en fournissant une information probabiliste aux utilisateurs. J’utilise les modèles de prévision d’ensemble de Météo-France et du CEPMMT. Mes principales applications sont les modèles pour la protection des cultures et ceux pour la gestion de l’irrigation.   Plus d’infos ici

Nos deux thèses s’inscrivent dans l’institut Agriculture Numérique #DigitAg (www.hdigitag.fr).

VHW’com. Qu’est ce qui vous a attiré dans ce challenge ?
Ivana. L’esprit de compétition et le travail sous pression dans un temps très court.
Mathilde. Ce qui m’attire est le concept même du challenge qui est de concevoir un prototype fonctionnel en très peu de temps et en équipe. J’ai participé à la première édition il y a un an en tout début de ma thèse. L’ambiance m’avait beaucoup plu, donc j’avais hâte de récidiver cette année !

 VHW’com. Pouvez vous décrire en deux mots l’application que vous avez développé ?
Mathilde & Ivana. C’est un outil de visualisation de l’état sanitaire de la vigne à plusieurs échelles : nationale, régionale et parcellaire. Une des premières fonctionnalité est la prédiction des dynamiques épidémiques grâce à un modèle statistique basé sur les observations passées et intégrant celles collectées en temps réel en cours de saison. Notre application permet également de cartographier finement les prédictions.  
 Le viticulteur a la possibilité de saisir ses propres observations et peut ainsi obtenir une prédiction personnalisée. Tous ces outils valorisent les données collectées dans le cadre du Bulletin de santé du végétal. Enfin, l’utilisateur peut aussi avoir accès aux prévisions météos qui représentent l’évolution de la température et des précipitation sur les vignobles de la région.

VHW’com. Quelles ont été vos contributions ?

Mathilde. J’ai remobilisé une petite partie de mes travaux de thèse en adaptant le modèle de survie à l’ensemble des données de suivi des 4 principales maladies (mildiou, oïdium, black rot, pourriture grise) disponible dans la base de données Epicure de l’IFV. J’ai également présenté le fruit de notre travail collectif en 5 minutes avec la démonstration de l’application dans le pitch final.  
Ivana. J’ai utilisé l’API fournissant les prévisions météorologiques issues du modèle AROME à résolution de 1.3km de Météo-France. Avec l’IFV nous avons sélectionné les coordonnées représentatives des aires de production de chaque région administrative. Puis, nous avons agrégé ces données en calculant la moyenne pour la pluie et la température.  

VHW’com. Que vous a apporté cette courte expérience ?
Ivana. Comme je suis en début de thèse, c’était l’occasion de rencontrer des acteurs du domaine agricole et de mieux comprendre l’utilité de manipuler les données mises à disposition par API-AGRO.
Mathilde. Un gros mal de crâne, 3 kilos… mais surtout une superbe expérience conviviale en équipe. Cela m’a permis de mieux comprendre les dessous du développement d’une application. Comme je m’intéresse au monde des start-up, cette expérience fut très enrichissante pour moi.

VHW’com. Est ce que ce hackathon change vos directions de thèse ?
Mathilde. Pas du tout ! Ce fut juste une parenthèse de 30 heures dans mes trois ans de thèse. Mais cela m’a permis de côtoyer de plus prêt le monde de l’entreprenariat et de l’innovation. Cela me permet de mettre en perspective mes travaux de recherche par rapport avec leur futur valorisation sous forme d’outils utiles pour les agriculteurs.
Ivana. Non, je le vois plus comme une activité parallèle que comme un changement de direction. Mais, cela m’a permis d’avoir une vision très concrète de ce que peut être une application pour les agriculteurs et comme mon objectif de thèse est bien d’améliorer des OAD, c’est une expérience précieuse.

VHW’com. Quel autre message à faire passer ?
Ivana & Mathilde. L’innovation s’appuie sur un travail de fond et les thèses sont des projets indispensables pour développer des méthodes utilisées dans les outils de demain. Face aux enjeux auxquels doit faire face l’agriculture, il est important que les instituts techniques (Acta, IFV, Arvalis) et les instituts de recherche (Inra, Météo-France) travaillent main dans la main afin d’investir sur le long terme pour les innovations de demain.

Propos recueillis par VHW’com
@VineHealthWatch (février 2018)

L’équipe Acta-IFV-INRA au complet

 

Vine Health Watch : un outil pour visualiser en temps réel l’état sanitaire du vignoble pour améliorer la prise de décision. Projet en compétition au Hackathon API-AGRO 2018.

A l’occasion du Hackathon API-AGRO 2018 (http://www.api-agro.fr/api-agro-hackathon-edition-2018), l’Acta – les instituts technique agricole et l’IFV – Institut Français de la vigne et du vin ont proposé un projet et constitué une équipe mixte à laquelle s’est jointe un chercheur de l’INRA.

Nous avons proposé de travailler sur un nouveau concept d’outil s’appuyant fortement sur les données d’épidémiosurveillance pour apporter des informations pertinentes à destination des viticulteurs, des conseillers et des acteurs du Bulletin de Santé du Végétal (BSV).

Le résultat est un outil unique, « the Vine Health Watch », permettant de visualiser de manière dynamique l’état sanitaire des vignes à l’échelle locale et régionale. Son originalité est de :

  1. fournir des informations en temps réel sur l’état sanitaire des vignes à partir de réseaux de surveillance ;
  2. d’affiner ces informations en les ajustant à des observations collectées sur les parcelles du viticulteur en cours de saison ;
  3. de compléter les informations sur l’état sanitaire par des prévisions météos en temps réel sur des variables clefs (force du vent, précipitations).

Nous avons développé 6 web services basés sur les données du BSV saisies dans EPICURE (www.vignevin-epicure.com) et les modèles de prévision Arome/Arpège de Météo-France, chacun dédié à une fonctionnalité de l’outil. Ces outils ont été ensuite intégrés dans une interface web intuitive et interactive afin d’en faire la démonstration.

Ces fonctions se basent en grande partie sur des travaux de R&D en data science et modélisation mené en amont dans des projets (AAP PSPE SynOEM, CASDAR RT Smart-Pic, ANR DigitAg) et dans des thèses INRA-ACTA. Nous avons également valorisé l’expertise du RMT Modélisation et Analyse de Données pour l’Agriculture (www.modelia.org).

Enfin, cette expérience humaine est très enrichissante pour une équipe aux compétences mixtes comme nous en permettant de combiner nos expertises et savoir-faire. Dans le cadre de l’accompagnement de la transformation numérique de l’Agriculture, nous pensons qu’il est fondamental de chercher à valoriser au plus vite des résultats de travaux de recherche et de thèses notamment. Avec deux doctorantes hackeuses au cœur de notre équipe, nous avons mis en œuvre cette belle idée.

Retrouver les éléments de notre pitch

–          La présentation du pitch

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Notre équipe : data-based decisions

  • Ivana Aleksovska, doctorante Acta-Météo-France-INRA
  • François Brun, Acta
  • Mathilde Chen, doctorante Acta-INRA
  • Christian Debord, IFV
  • David Makowski, INRA
  • Simon Van de Kerckhove, Acta